En 1999 elle réalise son premier film Valparaiso, L’écume des villes, un documentaire de 52 minutes produit par Les Films d’Ici pour Paris Première, avec de très bonnes critiques dans la presse spécialisée.
En 2001, elle réalise I Love Pinochet, un film documentaire de 52 minutes produit par Yves Jeanneau à Pathédoc, pour Histoire et SBS. Le film a été présenté dans de nombreux festivals : FIPA, Festival international de Biarritz, Festival de films de femmes, NMWA à Washington, Chicago. Il a eu le prix Altazor au Chili, ainsi que le premier prix au Festival International de Cinéma de Valparaiso, et le prix de la critique au Fidocs 2002.
En 2006 elle co-réalise avec son mari Jean de Certeau, Opus Dei, une croisade silencieuse, un documentaire de 52 minutes produit par Christine Le Goff, Emmanuelle Koenig avec Valparaiso Productions, pour France 5, Planète, TV5monde, RTS, RTBF, SBS. Au Chili, le film sort en salles, et remporte le prix Pedro Sienna du meilleur documentaire.
En 2007 elle réalise et co-produit avec ITVS un court-métrage Divine food, pour the Global Movil Project.
En 2011, son documentaire, El Mocito, interroge la banalité du mal sous la dictature de Pinochet.
Son premier film de fiction, L'Eté des poissons volants, est présenté à la Qunizaine des Réalisateurs en 2013 et au festival Cinélatino à Toulouse.