1876. Le capitaine Nathan Algren est ressorti traumatisé de la guerre de Sécession. Envoyé en mission au Japon par son pire ennemi, il est chargé de mater la rébellion du samouraï Katsumoto et de ses hommes, qui refusent l'ordre "moderne" que veut instaurer le jeune empereur. Mais bien vite, le capitaine se retrouve pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Chili 1973. Deux enfants âgés de 11 ans, l'un Gonzalo Infante, issu d'une famille aisée, réside dans les beaux quartiers, l'autre Pedro Machuca, fils de paysans, survit dans un bidonville. Ces deux garçons que tout oppose se rencontrent sur les bancs de l'école grâce à l'initiative idéaliste du Père Mac Enroe : intégrer au collège catholique très huppé de Santiago des enfants de milieu défavorisé.
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