Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded.
Haru, une lycéenne, sauve un chat d'une mort certaine. Mais l'animal n'est autre que le Prince du royaume des chats, et la jeune fille se retrouve plongée bien malgré elle dans un monde parallèle où les félins obéissent au tout-puissant Roi des chats...
Sheeta, jeune adolescente poursuivie par des militaires qui convoitent la pierre magique qu'elle possède, rencontre Pazu, un jeune mécanicien rêvant de devenir pilote. Ensemble, ils décident de se lancer à la recherche d'une légendaire cité volante.
À Tokyo, pendant les fêtes de Noël, trois amis sans abri trouvent un bébé abandonné et une mystérieuse clé, annonciatrice de folles aventures.
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