Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir...
Injustement condamné, le général Irwin doit purger une peine dans une prison militaire. Avec l'aide de ses compagnons de cellule, Irwin va mettre en place sa propre armée pour organiser une véritable insurrection et ainsi piéger le directeur du "Château".
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