Quand Lois Lane et Jimmy Olson sont attaqués par un fantôme, ils doivent faire appel à la société Mystères associés. Ils font alors connaissance avec Fred, Daphné, Vera et Sammy, tandis que Scooby-Doo sympathise avec Krypto, le chien de Superman...
Quand les Primm déménagent, leur fils Josh peine à s'adapter à sa nouvelle école et à ses nouveaux camarades. Un jour, il découvre Enzo le croco dans le grenier de sa nouvelle maison. Ensemble, ils combattent M. Grumps, un voisin aux plans diaboliques...
Le Chat Potté découvre que sa passion pour l'aventure et son mépris du danger ont fini par lui coûter cher : il a épuisé huit de ses neuf vies, et en a perdu le compte au passage. Afin de retomber sur ses pattes il se lance dans la quête de sa vie.
Une cigogne un peu maladroite dépose un bébé à la mauvaise destination en confondant l'adresse de M. Panda avec celle de l'Ours Mic-Mac. Ce dernier décide de livrer Baby Panda à ses parents avec l'aide de ses amis rencontrés sur la route.
Le fantôme de la Fée Morgane envoie Scooby-Doo et ses amis à l'époque du Roi Arthur. La bande va devoir tout mettre en œuvre pour briser le sort que la sorcière a jeté sur le roi et retrouver le chemin du présent.
Toute sa vie, le petit poisson Alex a rêvé de devenir un super-héros. Il saisit sa chance quand le récif de corail près de chez lui est envahi par une mystérieuse substance visqueuse noire. Avec ses amis, il décide de mener l'enquête pour sauver leur maison.
Scooby et Sammy se sont rencontrés autour d'un sandwich sur une plage. Depuis ce sont les meilleurs amis du monde. Le grand dadais et le chien froussard vivent des aventures trépidantes avec Fred, Velma et Daphné, une bande d'enquêteurs aux prises avec des créatures étranges. Ils doivent cette fois s'attaquer au chien-fantôme Cerberus...
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