1876. Le capitaine Nathan Algren est ressorti traumatisé de la guerre de Sécession. Envoyé en mission au Japon par son pire ennemi, il est chargé de mater la rébellion du samouraï Katsumoto et de ses hommes, qui refusent l'ordre "moderne" que veut instaurer le jeune empereur. Mais bien vite, le capitaine se retrouve pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
A la veille de la Guerre de Sécession, une passion naît entre un homme et une femme. Ada, fille d'un pasteur veuf, s'occupe d'un père qu'elle admire. Inman, un ouvrier rustre et taiseux, s'engage quant à lui dans les rangs des Confédérés.
Pour protéger sa relation avec Selby et leur permettre de subsister, Aileen continue de se prostituer jusqu'à cette nuit où, agressée par un de ses clients, elle le tue. Ce premier crime marque le déclenchement d'un terrible engrenage.
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