Lena, biologiste et ancienne militaire, participe à une mission destinée à comprendre ce qui est arrivé à son mari. Ils découvrent que paysages et créatures ont subi des mutations. Malgré la beauté des lieux, le danger règne et menace leur vie.
À San Francisco, Eddie Brock signe une interview qui lui coûte sa carrière et son mariage. Misérable, il est contacté par une scientifique qui lui demande d'enquêter sur les pratiques non éthiques de son patron, le richissime Carlton Drake...
Chloé n'a jamais vu le monde extérieur à cause de son père. Ultra-protecteur, celui-ci lui répète qu'elle est différente, que tout ce qui se trouve de l'autre côté de la porte d'entrée représente une menace. Un jour, Chloé brave l'interdit...
À Los Angeles, Sam, jeune chômeur sans perspective, part à la recherche de sa voisine disparue et se découvre un complot délirant au cœur de la ville...
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