Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded.
Le petit Toby mène une existence sans histoires, jusqu'au jour où il se découvre des super-pouvoirs. Doté d'une force surhumaine, capable de voler dans les airs, le jeune garçon découvre qu'il n'est pas un humain, mais un robot créé par le Docteur Tenma. Effondré, Toby s'enfuit, avant de comprendre que les humains ont besoin de lui...
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