Après avoir brillé auprès des Avengers, le jeune Spider-Man veut prouver à Iron Man qu'il a l'étoffe d'un superhéros et se confronte à un nouvel ennemi qui va mettre en danger tout ce qui compte pour lui...
Peter Parker prend des vacances en Europe bien méritées, en compagnie de Ned et MJ. Mais son voyage est interrompu par Nick Fury, qui lui ordonne de mettre hors d'état de nuire d'étranges créatures qui détruisent tout sur leur passage.
Les humains tentent de survivre quand des monstres titanesques débarquent sur Terre. Bientôt, une lutte de pouvoir s'instaure entre les différentes créatures. Godzilla affronte Mothra, un papillon géant, Rodan, un ptérosaure mutant, et le redoutable et effrayant King Ghidorah, un dragon à trois têtes...
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