En 2020, la Terre est sous le contrôle de hordes d'extraterrestres. Tandis que l'humanité lutte pour retrouver sa liberté, un homme, le colonel Cage, est tué lors d'une bataille. Par miracle, il se réveille et s'aperçoit qu'il a remonté le temps...
Rien ne s'est passé comme dans les livres d'Histoire : en 1985, les États-Unis ont gagné la guerre du Viêtnam. Par ailleurs, Nixon poursuit son cinquième mandat. Les anciens justiciers, bannis par le Président, craignent pour leur vie...
Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
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