Peter Parker, un lycéen, a été élevé par son oncle Ben et sa tante May après la disparition de ses parents. Un jour, il trouve une mallette qui le guide sur la piste du docteur Connors, l'ancien associé de son père...
Dans le futur, une race d’extraterrestres, les Âmes, ont pris le contrôle de la Terre. La plupart des humains sont devenus des hôtes pour ces aliens qui envahissent leur esprit et laissent leur corps intact.
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