Deux agents très spéciaux tentent d'assurer l'intégration sur Terre d'extraterrestres égarés dans la galaxie. Bientôt, ils mettent au jour un complot.
Les Men in Black reprennent du service lorsqu'une dangereuse et séduisante extraterrestre débarque sur Terre, prête à tout pour accomplir son sinistre dessein.
Lorsque la vie de son partenaire et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets de l’univers que K ne lui a jamais révélés.
Lorsque des extra-terrestres interprètent de manière erronée de grands classiques des jeux vidéo d'arcade comme une déclaration de guerre, ils attaquent la Terre sous la forme de jeux vidéo.
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