Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir...
Dans une ville où la justice est impuissante, les plus désespérés réclament vengeance, et les criminels les plus impitoyables sont poursuivis par des milices.
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