Japon, 1964. Umi est une jeune lycéenne studieuse qui a perdu son père durant la guerre de Corée. Un jour, elle fait la rencontre de Shun, l'auteur de plusieurs poèmes faisant référence aux pavillons qu'Umi dresse tous les jours en souvenir de son père.
Anna, douze ans, souffre d'asthme. Elle est envoyée pour l'été à la campagne. En explorant les environs, elle découvre une maison abandonnée au milieu d'un marais, et dans cette maison, Marnie, une étrange jeune fille...
Deux lycéennes, Nozomi et Mizore, jouent ensemble dans l'orchestre de leur école. Si Nozomi est extravertie et populaire, Mizore est beaucoup plus discrète. La jeune fille craint que la fin de l'année ne signe la fin de leur amitié. Alors qu'elles travaillent ensemble sur un morceau tiré de 'Liz et l'oiseau bleu', les jeunes filles croient y voir le reflet de leur amitié.
Après le décès de son mari, Ikuko, la mère de Momo, décide de quitter Tokyo avec sa fille pour rejoindre son île natale. La maison de famille n’a pas changé depuis des années, pour la plus grande joie d’Ikuko, mais pour Momo ce décor est propice à l’ennui. Très vite, pourtant, des créatures étranges vont bouleverser le quotidien de la jeune fille.
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