Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir...
En 2019, un groupe de "répliquants", androïdes-esclaves chargés des tâches ingrates dans les colonies spatiales humaines, massacrent des êtres humains et s'enfuient d'une colonie à bord d'un vaisseau. Quatre d'entre eux parviennent sur Terre et s'introduisent dans Los Angeles. Un agent d'une unité spéciale, un "blade-runner", est chargé de les éliminer...
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