Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l'appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui gangrène la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham connaissent sous le nom de Joker. Un opus violent et crépusculaire, dans lequel la performance de Heath Ledger lui vaudra un Oscar.
Corky Withers est une grande vedette du spectacle. Il a pour partenaire une marionnette baptisée Fats. Ben Greene, son imprésario, parvient à lui décrocher un contrat, mais Corky se dérobe, car Fats échappe parfois à son contrôle...
Pour régler sa dette auprès d'une dangereuse organisation mafieuse, Reese fait appel à son ami Walker, une brute taciturne, afin de braquer des convoyeurs de fonds criminels, dans la prison désertée d'Alcatraz. Lors de l'opération, Reese tire sur Walker, et le laisse pour mort. Il s'envole avec le butin, et la femme de Walker, qui l'accompagnait...
Leonard n'a qu'une idée en tête : traquer l'homme qui a assassiné sa femme. Mais Leonard souffre d'une forme rare d'amnésie qui complique sa recherche...
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