A New York. Le jour de la rentrée des classes, Eleanor et Fredrick Little se rendent à l'orphelinat local pour adopter un deuxième enfant. Le petit Stuart les séduit aussitôt. De retour chez eux, les Little le présentent à leur fils et à leur chat. Ceux-ci n'en reviennent pas : Stuart est une souris...
Dans la famille de Mango, une petite taupe, tout le monde travaille à la mine. Mais Mango a un autre rêve : il veut devenir joueur de foot professionnel et participer à la Coupe du monde. Lorsqu'un gangster menace de prendre possession de la ville, Mango doit trouver une solution pour sauver la mine et les habitants.
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