Le général Bison, un despote hystérique, a pris en otage une partie de la population de Shadaloo City, la capitale d'un pays d'Asie du Sud-Est, contre une rançon. Un militaire opiniâtre tente de contrecarrer ses plans...
Alors qu'ils tentent de réparer une canalisation souterraine, Mario et son frère Luigi, tous deux plombiers, se retrouvent plongés dans un nouvel univers féerique à travers un mystérieux conduit.
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