Au milieu du XXIe siècle, Lincoln Six Echo et Jordan Two Delta vivent dans une colonie humaine préservée de la mystérieuse catastrophe qui a ravagé la planète. Lincoln souhaite échapper à cet univers surveillé pour gagner "l'île", une terre de liberté...
Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir...
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