Japon, 1964. Umi est une jeune lycéenne studieuse qui a perdu son père durant la guerre de Corée. Un jour, elle fait la rencontre de Shun, l'auteur de plusieurs poèmes faisant référence aux pavillons qu'Umi dresse tous les jours en souvenir de son père.
Anna, douze ans, souffre d'asthme. Elle est envoyée pour l'été à la campagne. En explorant les environs, elle découvre une maison abandonnée au milieu d'un marais, et dans cette maison, Marnie, une étrange jeune fille...
Le petit Toby mène une existence sans histoires, jusqu'au jour où il se découvre des super-pouvoirs. Doté d'une force surhumaine, capable de voler dans les airs, le jeune garçon découvre qu'il n'est pas un humain, mais un robot créé par le Docteur Tenma. Effondré, Toby s'enfuit, avant de comprendre que les humains ont besoin de lui...
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