Le vaisseau Enterprise est redirigé vers la planète Romulus, sous prétexte que ces derniers veulent négocier un traité de paix. Le capitaine Picard et son équipage découvrent une grave menace lorsque le préteur Shinzon prévoit d'attaquer la terre.
Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded.
La guerre contre les machines s'est intensifiée. Une terrifiante nouvelle tombe : des milliers de sentinelles vont bientôt débarquer, chargées de détruire ce qui reste de vie sur Terre. Neo, l'Elu, a 72 heures pour empêcher cette catastrophe...
Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
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