Leah, 10 ans, n'arrive pas à comprendre sa mère. La nuit, elle reçoit la visite d'un mystérieux invité, qui pourrait lui donner des réponses. Avec un nouveau défi chaque nuit, Leah est récompensée par des bribes de connaissances qui menace son équilibre.
Mary Lennox, une Anglaise de 10 ans, perd ses parents, victimes d'un tremblement de terre. Elle est recueillie par son oncle dans un sombre manoir. Depuis la mort de sa femme, celui-ci abandonne à sa gouvernante tout le soin de la maisonnée. Mary explore l'immense domaine et découvre un jardin secret...
Des années après la mort de John F. Donovan, une vedette de la télévision américaine, Rupert Turner, un jeune acteur, raconte l'amitié épistolaire qu'il a entretenue avec la star quand il était enfant. Le petit garçon d'alors ne trouvait pas sa place dans ce monde et, à l'insu de sa mère, a donc commencé à écrire à son idole à qui tout semblait réussir...
La véritable histoire de deux Anglaises qui, bébés, ont été échangées par erreur à la maternité, et découvrent, à 20 ans, qu'elles n’ont pas été élevées par leurs vrais parents. La réalisatrice embarque les survivants des deux familles dans une étrange enquête entre passé et présent pour reconstituer les faits mais surtout revivre les scènes clés de la vie émotionnelle des deux enfants.
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