Sur une île paradisiaque, des oiseaux incapables de voler mais dont certains disposent de capacités spéciales se font dérober leurs œufs par de méchants cochons verts. Red, colérique et paria de sa communauté, lance alors une mission de sauvetage !
Quand Lois Lane et Jimmy Olson sont attaqués par un fantôme, ils doivent faire appel à la société Mystères associés. Ils font alors connaissance avec Fred, Daphné, Vera et Sammy, tandis que Scooby-Doo sympathise avec Krypto, le chien de Superman...
Le fantôme de la Fée Morgane envoie Scooby-Doo et ses amis à l'époque du Roi Arthur. La bande va devoir tout mettre en œuvre pour briser le sort que la sorcière a jeté sur le roi et retrouver le chemin du présent.
Toute sa vie, le petit poisson Alex a rêvé de devenir un super-héros. Il saisit sa chance quand le récif de corail près de chez lui est envahi par une mystérieuse substance visqueuse noire. Avec ses amis, il décide de mener l'enquête pour sauver leur maison.
En 1939, Charlie, un chien des rues de La Nouvelle-Orléans, escroc et roublard, s'évade d'un pénitencier où il purgeait une peine pour divers larcins. Il retrouve son associé, Carcasse, avant d'être écrasé par une voiture et de rejoindre le paradis. Il proteste tant et si bien qu'il est renvoyé sur Terre...
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