Lena, biologiste et ancienne militaire, participe à une mission destinée à comprendre ce qui est arrivé à son mari. Ils découvrent que paysages et créatures ont subi des mutations. Malgré la beauté des lieux, le danger règne et menace leur vie.
À la suite d'un accident, Lucy, une jeune étudiante qui faisait la mule pour des trafiquants de drogue ingère une forte dose d'une substance expérimentale. Elle voit très vite ses capacités intellectuelles se développer à l’infini et acquiert des pouvoirs illimités.
Shin et Kotori sont deux lycéens ordinaires qui vivent à Tokyo. Un jour, Shin rencontre son parfait sosie. Le garçon s'appelle Jin et prétend venir d’un monde parallèle sur lequel règne une princesse malfaisante. Pour sauver les siens, il doit vite trouver le double de la persécutrice. La vie des lycéens bascule quand Shin découvre que la sombre princesse ressemble à son amie…
Les humains tentent de survivre quand des monstres titanesques débarquent sur Terre. Bientôt, une lutte de pouvoir s'instaure entre les différentes créatures. Godzilla affronte Mothra, un papillon géant, Rodan, un ptérosaure mutant, et le redoutable et effrayant King Ghidorah, un dragon à trois têtes...
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