Avec sa montre, Nathan a le pouvoir de voir les Yo-kai, des esprits invisibles. Mais une nuit, sa montre disparaît. Avec ses amis Whisper et Jibanyan, le garçon finit par comprendre que les Perfides y sont pour quelque chose...
La vie de Kun est bouleversée par l'arrivée de sa petite sœur, Miraï. Jaloux de ce bébé qui monopolise l'attention de ses parents, le petit garçon se réfugie souvent au fond du jardin. Là, il découvre un monde fantastique dans lequel il peut voyager et rencontrer ses proches à différents âges de leurs vies. À travers ces aventures, Kun découvre sa propre histoire...
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