Sur une île paradisiaque, des oiseaux incapables de voler mais dont certains disposent de capacités spéciales se font dérober leurs œufs par de méchants cochons verts. Red, colérique et paria de sa communauté, lance alors une mission de sauvetage !
Jaime Reyes, jeune étudiant, alterne les petits boulots pour aider sa famille. Un jour, alors qu'il a décroché un entretien d'embauche, au lieu de répondre à des questions, il se voit remettre une boîte de hamburger qui contient un scarabée bleu...
Pendant 15 ans , 4 tortues transformées en mutants grandissent dans les égouts de New York. Elles sortent uniquement pour se ravitailler, mais rêvent d'une vie normale. Lors d'une sortie, leur vie connaît un virage inattendu...
Dans cette nouvelle aventure Axel Foley va mener l'enquête dans le célèbre parc d'attractions de Wonderworld à Beverly Hills. Il recherche le dangereux commanditaire d'une bande de voleurs de voitures responsable de la mort de son ami Todd.
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