Le capitaine Richard Phillips et son équipage sont pris en otage sur le Maersk Alabama par des pirates somaliens, alors qu’ils acheminent de l'aide humanitaire vers la Corne de l'Afrique. N'arrivant pas à prendre le contrôle du navire, les pirates, menés par un certain Muse, enlèvent le capitaine...
Pendant ses vacances au Chili, Alicia, une jeune Américaine réservée, se retrouve embarquée par sa cousine Sara et sa bande d'amis sur une île isolée. Personne ne fait vraiment d'effort pour intégrer Alicia. Elle se replie de plus en plus sur elle-même et commence à perdre peu à peu ses facultés mentales sans que le groupe n'y prenne garde...
Dans une petite ville côtière, deux biologistes relèvent un affolant niveau de toxicité de l'eau et tentent d’alerter le maire. Ce dernier refuse de semer la panique dans sa paisible cité mais l'épidémie mortelle ne tarde pas alors à se répandre et voit des parasites mutants prendre le contrôle des esprits des habitants…
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