Un paisible fermier du Missouri voit sa femme et son fils massacrés par des soldats nordistes. Il intègre les rangs de l'armée sudiste pour se venger.
Durant les derniers mois de la guerre de Sécession, le Major Dundee, commandant nordiste, poursuit des Indiens Apaches qui ont attaqué un poste de cavalerie, massacré ses occupants, et enlevé des enfants. Manquant d’hommes, il prend la tête d’une troupe hétéroclite composée de volontaires et de prisonniers sudistes, dont le chef est son ennemi intime.
En 1892, le capitaine de cavalerie Joseph Blocker est contraint d’escorter une chef de guerre Cheyenne sur ses anciennes terres tribales. En chemin, ils rencontrent la seule rescapée du massacre de sa famille, qui se joint à eux dans leur périple.
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