Jaime Reyes, jeune étudiant, alterne les petits boulots pour aider sa famille. Un jour, alors qu'il a décroché un entretien d'embauche, au lieu de répondre à des questions, il se voit remettre une boîte de hamburger qui contient un scarabée bleu...
Deux agents très spéciaux tentent d'assurer l'intégration sur Terre d'extraterrestres égarés dans la galaxie. Bientôt, ils mettent au jour un complot.
Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.
Les Men in Black reprennent du service lorsqu'une dangereuse et séduisante extraterrestre débarque sur Terre, prête à tout pour accomplir son sinistre dessein.
Lorsque la vie de son partenaire et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets de l’univers que K ne lui a jamais révélés.
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