Quand Lois Lane et Jimmy Olson sont attaqués par un fantôme, ils doivent faire appel à la société Mystères associés. Ils font alors connaissance avec Fred, Daphné, Vera et Sammy, tandis que Scooby-Doo sympathise avec Krypto, le chien de Superman...
Alors qu'un ouragan balaye la Louisiane, des agents des services pénitentiaires transportant un groupe de prisonniers sont contraints de se réfugier dans un poste de police. Profitant de la montée des eaux, des alligators s'infiltrent dans les lieux.
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