Choyé par ses parents, James vit une enfance heureuse. Tout bascule lorsque ceux-ci meurent, et James est confié à la garde de deux tantes acariâtres. Lorsqu'un fruit géant pousse dans leur jardin, James y creuse un tunnel pour s'échapper...
Un Américain, Lewis, vient d'acheter la riche demeure de Darlington Hall et prie le majordome, James Stevens, de prendre des vacances. Ce dernier décide alors de profiter de ce congé pour retrouver la femme à qui il n'a jamais osé déclarer son amour.
Mary Lennox, une Anglaise de 10 ans, perd ses parents, victimes d'un tremblement de terre. Elle est recueillie par son oncle dans un sombre manoir. Depuis la mort de sa femme, celui-ci abandonne à sa gouvernante tout le soin de la maisonnée. Mary explore l'immense domaine et découvre un jardin secret...
Glasgow, 1987. George, jeune chauffeur de bus, tombe amoureux de Carla, réfugiée nicaraguayenne qui a fui la guerre dans son pays après avoir été témoin d'évènements dont elle ne veut pas parler. Un jour, George sauve Carla de justesse d'une tentative de suicide. Il décide alors de se rendre au Nicaragua avec elle sur les traces de son passé douloureux.
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