Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir...
Après des années de bons et loyaux services, Osbourne Cox est renvoyé de la CIA. Il décide cependant d'écrire ses mémoires. C'est alors qu'un CD, contenant des informations liées à ces mémoires, tombe entre les mains de Chad et Linda, deux employés d'un club de remise en forme. Une lumineuse idée germe dans leur esprit naïf : faire chanter la CIA pour monnayer la restitution du CD...
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