Un vaisseau s'écrase sur Terre, mille ans après son abandon par les hommes. À bord de l'épave se trouvent Cypher Raige, un général des Rangers, et son fils, Kitai. Cypher, blessé, charge Kitai de retrouver une balise de secours, tombée en pleine nature...
Peter Parker, un lycéen, a été élevé par son oncle Ben et sa tante May après la disparition de ses parents. Un jour, il trouve une mallette qui le guide sur la piste du docteur Connors, l'ancien associé de son père...
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