Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir...
Injustement condamné, le général Irwin doit purger une peine dans une prison militaire. Avec l'aide de ses compagnons de cellule, Irwin va mettre en place sa propre armée pour organiser une véritable insurrection et ainsi piéger le directeur du "Château".
La guerre contre les machines s'est intensifiée. Une terrifiante nouvelle tombe : des milliers de sentinelles vont bientôt débarquer, chargées de détruire ce qui reste de vie sur Terre. Neo, l'Elu, a 72 heures pour empêcher cette catastrophe...
Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
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