Dans la banlieue de Tokyo, sous le plancher d'une vieille maison, vivent Arrietty et sa famille, des êtres minuscules appelés les Chapardeurs. Ils se cachent des humains, volent en petite quantité le nécessaire, et se méfient des chats et des rats.
Emilie et sa famille viennent de déménager. À la veille de son premier jour dans sa nouvelle école, Émilie est inquiète. Se fera-t-elle de nouveaux amis ? Son père l'accompagnera-t-il ? Pour la distraire, sa mère lui donne un vieux livre de contes...
Trois types de personnages vivent dans un tableau inachevé, les Toupins, les Pafinis et les Reufs. S'estimant supérieurs, les Toupins prennent le pouvoir, chassent les Pafinis et asservissent les Reufs.
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