Les parents de Chirio décident de s'arrêter dans une ville étrange et de manger un morceau. Ils se retrouvent transformés en cochons. Pour les sauver, la fillette doit s'engager au service de la terrible Yubaba, la sorcière qui règne sur la ville.
Koro est un être tout-puissant et mystérieux. Il devient enseignant de la classe 3-E de l’école secondaire de Kunugigaoka après avoir détruit la Lune et promis de faire exploser la Terre au mois de mars. Afin d’empêcher ce désastre, les élèves de troisième année deviennent des assassins. Unis par ce lien étrange, ils ont un an, jusqu’à l’obtention de leur diplôme, pour compléter leur mission.
Sur l’île d’Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu’un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito découvre le corps d’un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l’aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adultes et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l’amour...
Mike Yokohama est un détective privé, cynique et blagueur, engagé par le père d’une jeune femme qui a quitté la ville pour se rendre dans une maison reculée où elle effectue une retraite . Il doit l'en faire sortir à temps pour son mariage. A son arrivée, l’énigmatique docteur qui dirige la maison lui indique un lieu dans la forêt, où se trouve un arbre qui lui ressemble.
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