Un jour à Osaka, Chisato a disparu sans un mot. Paul part pour Koyasan, une montagne sacrée, dans l’espoir de la retrouver.
Lors d’une fête organisée pour les sponsors des Jeux Sportifs Mondiaux devant se dresser à Tokyo, d’étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan, avec l'aide de sa famille, mène l'enquête...
En quête de ses racines, Sachiko rend visite à sa famille japonaise installée à Sumatra. Tout le monde ici essaie de se reconstruire après le tsunami qui a ravagé l’île il y a dix ans. À son arrivée, elle apprend qu'un homme a été retrouvé sur la plage...
Kumiko, paraplégique depuis l’enfance, vit avec sa grand-mère, qui la surprotège du monde extérieur. Tsuneo, brillant étudiant en biologie marine, aimerait poursuivre ses études au Mexique. Un soir, il tombe littéralement sur Kumiko...
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