Anna, douze ans, souffre d'asthme. Elle est envoyée pour l'été à la campagne. En explorant les environs, elle découvre une maison abandonnée au milieu d'un marais, et dans cette maison, Marnie, une étrange jeune fille...
Pour les vacances, Sakuko, jeune étudiante préparant son entrée à l'université, accompagne sa tante Mikie dans son village natal. Alors que cette dernière renoue avec son ancien amant Ukichi, la jeune fille se rapproche du timide Takashi, réfugié de Fukushima. Ensemble, ils s'interrogent sur la vie, l'amour, tandis que gronde la colère contre les événements de Fukushima.
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