Babette, une réfugiée politique s'étant installée au Danemark, devient la domestique de deux filles de pasteur. Elle s'intègre facilement à l'austère communauté de Jutland, mais après quatorze années d'exil, elle reçoit les moyens de rentrer en France.
Au milieu du XVIème siècle, Zénon, alchimiste et écrivain, revient clandestinement à Bruges où ses idées déplaisent à l'Inquisition. Grâce à des protecteurs, dont le Prieur des Cordeliers, Zénon parvient à ouvrir une clinique pour les pauvres et à y exercer la médecine. Mais, son protecteur est mourant...
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