Anna, douze ans, souffre d'asthme. Elle est envoyée pour l'été à la campagne. En explorant les environs, elle découvre une maison abandonnée au milieu d'un marais, et dans cette maison, Marnie, une étrange jeune fille...
À la suite du divorce de ses parents, Rikako, lycéenne originaire de Tokyo, suit à regret sa mère, qui va s'installer à Kōchi, une ville située sur l'île de Shikoku. C'est le milieu de l'année scolaire, et l'adolescente peine à s'intégrer.
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