Depuis la mort de son mari, Amelia lutte pour ramener à la raison son fils, devenu complètement incontrôlable. Quand un livre intitulé 'Mister Babadook' se retrouve chez eux, Samuel est convaincu que le 'Babadook' est la créature qui hante ses cauchemars.
Sur l’île d’Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu’un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito découvre le corps d’un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l’aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adultes et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l’amour...
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