Un jour, le ciel s'embrase et inquiète tous les habitants de la cité. Les Ronins, qui y règnent en maîtres, voient cet évènement comme la possibilité d’une nouvelle ère. Trois amis d’enfance séparés par le temps vont devoir s’unir pour affronter ce gang.
Dans cette nouvelle aventure, Batman retrouve trois anciens membres de l'école d'arts martiaux de son enfance : Richard Dragon, Bronze Tiger et Lady Shiva. Ensemble, ils doivent sauver leur ancien maître, et empêcher la résurrection du dieu serpent Naga.
Shin et Kotori sont deux lycéens ordinaires qui vivent à Tokyo. Un jour, Shin rencontre son parfait sosie. Le garçon s'appelle Jin et prétend venir d’un monde parallèle sur lequel règne une princesse malfaisante. Pour sauver les siens, il doit vite trouver le double de la persécutrice. La vie des lycéens bascule quand Shin découvre que la sombre princesse ressemble à son amie…
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