1944, Julien est pensionnaire dans un collège catholique. Il découvre Bonnet, un nouveau venu, fier et mystérieux. Les deux camarades se lient d'amitié et partagent un secret - Bonnet est juif - alors que l'ombre de la Gestapo plane sur l'établissement.
Au milieu du XVIème siècle, Zénon, alchimiste et écrivain, revient clandestinement à Bruges où ses idées déplaisent à l'Inquisition. Grâce à des protecteurs, dont le Prieur des Cordeliers, Zénon parvient à ouvrir une clinique pour les pauvres et à y exercer la médecine. Mais, son protecteur est mourant...
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