Jaime Reyes, jeune étudiant, alterne les petits boulots pour aider sa famille. Un jour, alors qu'il a décroché un entretien d'embauche, au lieu de répondre à des questions, il se voit remettre une boîte de hamburger qui contient un scarabée bleu...
Pendant 15 ans , 4 tortues transformées en mutants grandissent dans les égouts de New York. Elles sortent uniquement pour se ravitailler, mais rêvent d'une vie normale. Lors d'une sortie, leur vie connaît un virage inattendu...
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