A travers un montage d'archives, Gianfranco Rosi retrace l'itinéraire du pape, témoin de la misère du monde et toujours plus conscient des limites du réconfort de ses paroles.
Accusé de meurtre, Le Caravage a fui Rome et s’est réfugié à Naples. Le Pape décide alors de faire mener par un inquisiteur, l’Ombre, une enquête sur le peintre dont l’art est jugé subversif et contraire à la morale de l’Église.
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