Après des études de Lettres Modernes puis de cinéma en Bretagne, Christophe Honoré arrive à Paris en 1995 et écrit une dizaine de romans pour la jeunesse dont Tout contre Léo qui s'inspire de sa propre adolescence et devient l'argument de sa première réalisation de fiction, en 2006, pour la télévision (M6 ne le diffusera pourtant jamais, en raison d'une scène de sexe que le réalisateur refuse de couper).
A 27 ans, il publie son premier roman "adulte", L'Infamille, suivi, en 1999, de La Douceur, sélectionné pour le Prix Renaudot. Parrallèlement, Christophe Honoré écrit sur le cinéma dans plusieurs revues telles que Les Cahiers du cinéma ou Première et co-écrit le scénario de Les Filles ne savent pas nager avec Anne-Sophie Birot.
En 2002, après le court métrage Nous deux, co-écrit avec Gilles Taurand, il réalise son premier long métrage pour le cinéma Dix-sept fois Cécile Cassard, avec Béatrice Dalle confrontée au souvenir de son amant défunt.
En 2003, il adapte le sulfureux roman de Georges Bataille avec Ma mère avec Isabelle Huppert et Louis Garrel, ce dernier participant ensuite à Dans Paris (avec Romain Duris), puis Les Chansons d'amour et La Belle personne (dans un rôle secondaire de professeur pour cette adaptation moderne de La Princesse de Clèves).
Les liens familiaux restent au centre du film suivant : Non ma fille, tu n'iras pas danser avec Chiara Mastroianni en pleine tourmente amoureuse. Le cinéaste poursuit aussi, en parallèle, son activité d'écrivain, et s'essaie à la mise en scène de théâtre (Nouveau roman) comme d'opéra (Le Dialogue des carmélites, Pélléas et Mélisande).
Il cherche dans ses derniers films de nouvelles voies de récit pour revivifier des histoires connues de tous : évocations mythologiques (Métamorphoses, d'après Ovide) situées dans notre monde contemporain, ou Les Malheurs de Sophie, d'après la Comtesse de Ségur.