Né en 1966, il obtient une licence de mise en scène et de création de décors. Il se dirige alors tout naturellement vers le théâtre mais se tourne très rapidement vers la réalisation de clips, publicitaires ou musicaux.
Il commence par des bandes-annonces et des clips d'identité visuelle pour la BBC, qui, primés, vont lui ouvrir les portes de la profession.
En musique, il travaille pour le groupe de Trip hop Massive attack, pour Blur, Nick Cave, Radiohead, au point qu'en 1997 il est nommé grace à son clip pour Jamiroquai à dix MTV awards...
Côté publicité, il travaille pour Nike, Stella Artois et Guinness (dont un clip élu meilleur pub de tous les temps par le public de Channel 4).
En 2000, il réalise enfin son premier long métrage, Sexy Beast, un thriller qui n'obtient qu'un succès d'estime à sa sortie mais dont la réputation grandit avec le temps.
En 2004, il collabore avec le scénariste Jean-Claude Carrière pour Birth, interprété par Nicole Kidman, étrange histoire d'une femme qui voit apparaitre, à peine veuve, un jeune garçon qui se prétend la réincarnation de son mari. Ce sujet troublant, qui n'est pas sans rappeller, dans le style, les scénarios que Carrière écrivit pour Oshima (Max mon amour) ou Bunuel (toute sa période française, 60's et 70's), se voit imposer par les studios une fin "rationnelle" qui en affaiblit la portée, mystérieuse et symbolique.
Il faut attendre près de dix ans pour que Jonathan Glazer tourne un nouveau film, cette fois carrément radical, Under the Skin, que l'on peut voir comme une expérience sensorielle ultime, dénudant à l'extrême une intrigue bien réelle mais sans ressorts vraiment narratifs. Scarlett Johansson y incarne une femme étrange, et étrangère, qui erre en Ecosse, dans les landes, sur les plages et à bord d'un 4x4. Tout est affaire de regard dans ce film-trip, celui du spectateur étant invité à transgresser ses limites pour fouiller ce qui, sous l'oeil, sous la peau, sous l'aspect du film, constitue la chair et le sang d'un être.