Il s'essaye à la fiction, en 1993, avec l'adaptation d'un roman de Mircea Eliade co-scénarisé avec Jean-Claude Carrière, La Nuit bengali, qui met en scène Hugh Grant, expatrié occidental en Inde amoureux d’une indienne bengali, réalisant la difficulté d’un amour à cheval sur deux cultures.
Il enchaine avec une autre adaptation celle de La Nuit sacrée, roman de Tahar Ben Jelloun sur le thème du mensonge dans une famille marocaine.
Nicolas Klotz s'essaie ensuite dans une voie nouvelle : après ces deux films en forme de contes, il part à l'aventure pour un film tourné en DV dans des conditions documentaires, dans la rue, avec des acteurs professionnels et des SDF, filmant avec un grand réalisme des personnages exclus, en grande précarité, échouant dans la rue. "L'exclusion est le premier pas vers une exécution sociale, accomplie très légalement et très ouvertement, par notre société néo-libérale pour qui l'être humain est avant tout de la nourriture offerte aux nouveaux dieux (sont-ils si nouveaux ?) de la consommation", explique le cinéaste. Ce téléfilm produit par Arte, Un Ange en danger, sort au cinéma avec un nouveau montage et un nouveau titre Paria. On y retrouvait, parmi les acteurs principaux, Gérald Thomassin, qui avait débuté, adolescent, dans Le Petit criminel de Jacques Doillon.
Le succès critique de ce film l'encourage à poursuivre dans l'exploration d'un cinéma de plus en plus poilitique et social, abordant des questions qui croisent anthropologie et philosophie, et dont l'écriture, avec Elizabeth Perceval, sa compagne, suit un processus d'échanges avec le plus de partenaires possibles.
Ainsi La Blessure évoque les immigrés sans papiers et le traitement que leur inflige l'état Français à la douane des aéroports tandis que La Question humaine, d’après le roman de François Emmanuel, remet en cause les mécanismes du travail. Mathieu Amalric y incarne le psychologue du département des ressources humaines d’une multinationale allemande, chargé de la sélection du personnel, maillons faibles de la chaîne de production. Evocation d'un processus de contrôle, cachant la violence dans le rapport de travail faisant le parallèle avec le totalitarisme. Le monde professionnel, industrie abstraite et technologique,s 'y présente comme un écho du nazisme.