En 1985, après avoir abandonné l’université pour réaliser des films en 8mm, son premier court, I am Sion Sono ! (un enregistrement où il lisait ses poèmes à l'écran) est sélectionné au PIA Festival. En 1987, il participe de nouveau au Festival avec A Man’s Hanamichi qui remporte le Grand Prix. En 1990, il réalise son premier long-métrage, Bicycle Sighs, sélectionné dans de nombreux festivals internationaux.
En 1992, The Room rafle le Prix Spécial du Jury au Tokyo Sundance Film Festival. En 1997, il met en scène un projet de guérilla poétique qui sera ensuite publié, Tokyo GAGAGA, lequel attire beaucoup l’attention sur son travail. En 2001, Suicide Club lui ouvre les portes de la reconnaissance internationale. Il signera par la suite un roman, un manga et une préquelle à Suicide Club en 2005, Noriko’s Dinner Table. En 2009, Love Exposure est récompensé par le Prix agnès b. et le Prix du public au 9ème Festival Filmex de Tokyo.
Il est également présenté au Festival du Film de Berlin où il remporte le Caligari Film Prize et l’Overseas Critic League Prize. Pionnier du cinéma japonais « arty », Sono Sion est également très actif dans le cinéma d’horreur, la poésie et la littérature. Cold Fish, son film précédent, a été acclamé dans le monde entier, à Venise, Toronto et Pusan, et primé Meilleur film au Festival du Film Fantastique de Sitges. Guilty of Romance est le dernier chapitre de sa « saga de la haine » après Love Exposure et Cold Fish.