En 1977, il a fondé le Théâtre de la Sapience. Homme de lettres, Green met en scène dans son travail théâtral la récitation et les textes du XVIIe siècle. Son premier essai cinématographique Toutes les nuits est sorti en 2001, et a obtenu le Prix Louis Delluc du premier film.
Le Monde vivant présenté en 2003 à la Quinzaine des Réalisateurs au Festival de Cannes, est sorti en novembre de cette année accompagné du moyen métrage Le Nom du feu.
En 2004, Le Pont des Arts est présenté au Festival de Locarno.
En 2005, son moyen métrage, Les Signes, est présenté en Sélection Officielle au Festival de Cannes. Un autre moyen métrage, Correspondances, fait partie d’un triptyque, Memories (les deux autres volets étant de Harun Farocki et de Pedro Costa), commandé par le Festival de Jeonju en Corée, et présenté aussi au Festival de Locarno en 2007, où il a obtenu le Prix Spécial du Jury.
Eugène Green est également écrivain et a publié des essais, des contes et des livres de poèmes. Son premier roman La Reconstruction a été publié en 2008 aux éditions Actes Sud. Deux autres ont paru depuis : des « notes » sur le cinéma : Poétique du Cinématographe (2009) chez Actes Sud et un roman : La Bataille de Roncevaux chez Gallimard (2009).
